Doctorant Dynamique des Génomes chez les Archées H/F - 78

Les archées présentent une diversité phylogénétique et écologique remarquable. Comprendre comment leurs génomes évolutent - par apparition de gènes de novo, recombinaisons modulaires, duplications/pertes et transferts horizontaux (HGT) - est essentiel pour relier structure génomique, fonction et écologie. Cette thèse réalisera une cartographie comparative de ces processus à l'échelle de l'ensemble des grands phylums d'archées.
Objectifs scientifiques :
- Identifier et caractériser les gènes de novo au sein des principales lignées d'archées et leurs propriété associées (taille, biais de codon, etc.)
- Tester l'« émergence par fusion/fission » : retracer l'histoire des architectures de domaines et distinguer les mosaïques issues de modules ancestraux ou introduits par HGT (bactérien, viral, inter-archées).
- Quantifier la dynamique des familles de gènes (duplication, perte, HGT) par grande lignée, et repérer les bascules évolutives associées à des transitions écologiques (thermo/halophilie, symbiose, méthanogenèse...).
- Relier les événements à la fonction et au contexte génomique : enrichissements fonctionnels, proximité d'éléments mobiles, hotspots de recombinaison; établir des prédicteurs de l'innovation génétique.
Activités
- Compilation d'un catalogue curé de génomes d'archées à partir de données publiques et de données nouvellement obtenues au sein de l'équipe.
- Inférence d'orthogroupes, graphes de pangenome multi-clades pour détecter les gènes ayant des distributions restreintes.
- Reconstruction d'architectures de domaines, détection des jonctions et de leurs directions évolutives; cartographie sur la synténie et tests d'enrichissement près d'éléments mobiles et virus.
- Réconciliations gène-espèce, et détection d'HGT par incongruences phylogénétique et biais de composition.
- Recherche d'enrichissements fonctionnels, identification de co-évolution, liens avec traits écologiques.
Compétences
Un excellent niveau de connaissances en génomique comparée à grande échelle (i.e., à l'échelle des archées) et l'aise avec au moins un langage de programmation (Perl ou Python de préférence). Des compétences en phylogénie moléculaires sont un plus.
Autres compétences requises :
Langues anglais (écrit, oral).
Bonne capacités de présentation et de communication.
Autonomie, capacité d'organisation.
Capacités de synthèse et d'analyses critiques.
Contexte de travail

L'étudiant intègrera l'équipe DEEM -Diversité Ecologie et Evolution Microbiennes (http://www.deemteam.fr/). Notre laboratoire est situé dans le nouveau campus de l'Université Paris-Saclay, environ 30 km au sud de Paris. Un train de
banlieue connecte avec Paris.
Contraintes et risques

Le travail de thèse ne comporte pas de risque avéré.